1. Quelles sont les données stockées, et où sont-elles stockées ?
    • Les données de la métagénomique 16S ne sont pas conservées après l’identification des unités taxonomiques opérationnelles. En outre, les données de la séquence 16S ne fournissent des informations que sur le gène 16S de chaque organisme, et non sur le génome entier. Les fichiers de sortie sont stockés (si nécessaire) pour une analyse ultérieure de la métagénomique 16S.
  2. Quel est le délai d’exécution ?
    • Les données pour la métagénomique 16S impliquent une extraction d’ADN, un séquençage et un traitement de données intensifs. Les délais d’exécution habituels sont compris entre 7 et 10 jours ouvrables.
  3. En quoi la métagénomique 16S est-elle différente du séquençage du génome entier ?
    • La métagénomique 16S est une analyse de séquençage « ciblée ». Avant d’ajouter des échantillons à un MiSeq, le gène 16S de chaque organisme est amplifié. Les produits d’amplification sont ensuite ajoutés au MiSeq. WGS réalise une analyse de tout l’ADN dans un isolat.
  4. Quel est la taille d’échantillon requise ?
    • Nous avons des recommandations sur les échantillons de produits et d’environnement. La taille de l’échantillon dépend de l’homogénéité du type d’échantillon, de l’emplacement du produit (travail en cours, matière première, durée de conservation, etc.).
  5. Comment une entreprise se lance-t-elle dans la métagénomique 16S ?
    • Un appel téléphonique rapide avec un représentant de Neogen permet aux entreprises de comprendre les éléments clés de la conception expérimentale. Par la suite, ces entreprises peuvent télécharger le formulaire d’envoi des échantillons et suivre les directives d’échantillonnage fournies par Neogen. Après l’envoi des échantillons, un rapport sera envoyé 7 à 10 jours ouvrables après la réception des échantillons.
  6. Est-ce que Neogen propose des recommandations et des interprétations pour les résultats métagénomiques ?
    • Neogen peut aider la plupart des entreprises à interpréter les résultats de la métagénomique 16S. Des scientifiques possédant un doctorat sont disponibles pour des situations plus complexes et des interprétations difficiles.
  7. Les levures et les champignons sont-ils couverts par la métagénomique 16S ?
    • Non, car les levures et les champignons sont des eucaryotes. Ils ne possèdent donc pas de gène 16S, mais plutôt un gène conservé différent appelé « 18s ». Les produits du gène 16S de ce service ne peuvent pas être utilisés pour l’identification du gène 18s.
  8. Les bactéries pathogènes font-elles partie du profil microbien ?
    • Non, les espèces de Listeria et de Salmonella ne sont pas signalées dans les rapports de métagénomique 16S de détérioration. Si une étude spécifique nécessite l’identification de ces bactéries, le service peut signaler ces organismes si besoin. E. coli est identifié, mais seulement au niveau de l’espèce (c’est-à-dire E. coli générique).