16S Métagénomique 16S - Technologie

Avec l’ADN utilisé pour construire la sous-unité 16S, nous sommes en mesure d’identifier le genre et l’espèce d’un échantillon. Nous utilisons une approche métagénomique avec la région v4 16S, qui permet d’identifier le genre et/ou l’espèce pour chaque organisme. L’approche métagénomique permet aux entreprises d’envoyer des échantillons non enrichis, des produits finis ou diverses matières premières.

  • En exploitant une base de données propriétaire 16S, nous pouvons identifier le genre de chaque bactérie présente dans un échantillon.
  • Nous pouvons identifier les candidats probables pour les organismes préoccupants au moyen d’unités taxonomiques opérationnelles (UTO).
  • En outre, nous pouvons indiquer l’abondance relative du genre de bactéries présentes dans chaque échantillon.

Métagénomique 16S

L’utilisation de 16S pour les applications de microbiome permet une incroyable résolution dans les applications de détérioration des aliments ou de microbiome sur plaque. L’analyse métagénomique 16S permet certaines améliorations essentielles par rapport aux méthodes traditionnelles de sous-typage.

16S VS méthodes traditionnelles

  • Les méthodes traditionnelles présentent deux problèmes spécifiques : le volume de travail et les biais des milieux.
  • Le volume de travail lors du sous-typage d’un échantillon peut être très important. Chaque organisme différent doit être isolé, et une identification biochimique traditionnelle doit ensuite être utilisée. Dans un échantillon environnemental provenant de la production alimentaire, cela peut représenter 15 à 20 isolats !
  • L’autre élément est viable mais non cultivable. Les méthodes traditionnelles de sous-typage introduisent un biais en ne sélectionnant que des organismes pouvant se développer dans les milieux utilisés dans l’isolement. 16S contourne ce problème en obtenant une amplification et une identification de la séquence 16S dans un échantillon pur (sans isolement).

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