16S Metagenomik - Technologie

Anhand der zur Konstruktion der 16S-Subeinheit verwendeten DNA sind wir in der Lage, Gattung und Spezies in einer Probe zu identifizieren. Wir gehen nach einer metagenomischen Methode mit der 16S v4-Region vor. Dies ermöglicht die Identifizierung der Gattung und/oder der Spezies für jeden einzelnen Organismus. Der metagenomische Ansatz ermöglicht Unternehmen die Einsendung von unangereicherten Proben, Endprodukten oder verschiedenen Rohstoffen.

  • Durch die Nutzung einer firmeneigenen 16S-Datenbank sind wir in der Lage, die Gattung aller in einer Probe vorhandenen Bakterien zu identifizieren.
  • Identifizierung wahrscheinlicher Kandidaten für bestimmte Organismen durch operationale taxonomische Einheiten (OTU).
  • Aufschluss über die relative Häufigkeit der in jeder Probe vorhandenen Bakteriengattung

16S Metagenomik

Der Einsatz der 16S für Mikrobiomanwendungen ermöglicht ein unvergleichliches Auflösungsvermögen bei Lebensmittelverderbnis- oder Keimzahl-Mikrobiomanalysen. Die 16S Metagenomanalyse weist eine Reihe von signifikanten Vorteilen im Vergleich zu herkömmlichen Subtypisierungsmethoden auf.

16S im Vgl. zu herkömmlichen Verfahren

  • Herkömmliche Verfahren leiden an zwei konkreten Nachteilen: Arbeitsaufwand und Medien-Bias.
  • Der mit der Subtypisierung einer Probe einhergehende Arbeitsaufwand kann enorm sein. Jeder Organismus muss isoliert werden, bevor eine herkömmliche biochemische Identifizierung erfolgt. Bei einer Umweltprobe aus der Lebensmittelherstellung kann es sich hierbei um 15 - 20 Isolate handeln!
  • Der zweite Punkt lautet lebensfähig, aber nicht kultivierbar. Herkömmliche Subtypisierungsverfahren verursachen eine gewisse Verzerrung, da nur Organismen ausgewählt werden, die in den für die Isolierung verwendeten Medien wachsen können. 16S umgeht dieses Problem durch Amplifizierung und Identifizierung der 16S-Sequenz in einer reinen Probe (ohne Isolierung).

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