Metagenômica do 16S – Technologia

Utilizando o DNA usado para construir a subunidade 16S, podemos identificar o gênero e as espécies em uma amostra. Usamos uma abordagem metagenômica com a região do V4 16S. Isso fornece um gênero e / ou uma espécie de identificação para cada organismo. A abordagem metagenômica permite que as empresas enviem amostras não enriquecidas, produtos acabados ou várias matérias-primas.

  • Aproveitando uma base de dados do 16S, podemos identificar o gênero de cada bactéria presente em uma amostra.
  • Identificar candidatos prováveis para o organismo de preocupação através de unidades taxonômicas operacionais (UTOs).
  • Mostrar abundância relativa do gênero de bactéria presente em cada amostra.

Metagenômica do 16S

O uso de 16S para aplicativos de microbioma permite uma resolução incrível em aplicações de degradação de alimentos ou microbioma de placas. A análise metagenômica de 16S permite algumas melhorias críticas em relação aos métodos de subtipagem tradicionais.

16S vs. métodos tradicionais

  • Os métodos tradicionais sofrem de dois problemas específicos: volume de trabalho e os preconceitos dos meios.
  • O volume de trabalho através do subtipo de uma amostra pode ser enorme. Cada organismo diferente precisa ser isolado e, em seguida, usar uma identificação bioquímica tradicional. Em uma amostra ambiental da produção de alimentos, isso poderia significar 15-20 isolados!
  • O outro elemento é viável, mas não cultivável. Os métodos de subtipagem tradicionais introduzem um viés apenas selecionando organismos que podem crescer no meio usado isoladamente. O método 16S contorna essa questão ao obter amplificação e identificação da sequência do 16S em uma amostra pura (sem isolamento).

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